Il 30 maggio 1894, nella Chiesa di San Francesco in Viareggio, Clelia e le sue due compagne furono presentate come le prime Apostole del Sacro Cuore di Gesù, inaugurando così il nascente Istituto. La fioritura non si fece aspettare: ben presto si aprì una scuola, un asilo, un orfanotrofio e subito dopo una casa dove Clelia accolse anche persone anziane, tutto grazie al generoso sostegno finanziario di suo padre. Insieme al numero delle suore che cresceva si moltiplicarono le opere anche fuori Viareggio. In aggiunta alle molte benedizioni di Dio sulla nuova Congregazione, Clelia rimase l’unica beneficiaria di un cospicuo patrimonio, alla morte del padre, che avvenne a Sanremo il 27 giugno 1895. La sua conversione sul letto di morte fu il frutto di molti anni di preghiere e sacrifici della figlia.

Purtroppo, la risultante espansione delle opere si concluse bruscamente dopo appena tre anni, perché il sacerdote amministratore, dopo aver sperperato tutta la proprietà con manovre finanziarie azzardate, scappò in Francia con il resto dei soldi. Il fallimento costrinse le Apostole ad abbandonare le loro numerose opere ed anche la città di Viareggio. Per Divina Provvidenza, nel 1899 Madre Clelia incontrò Mons. Giovanni Battista Scalabrini, Vescovo di Piacenza, che accettò il piccolo gruppo nella sua Diocesi, e aiutò le suore ad uscire dal dissesto finanziario. Nel 1900, il Vescovo mandò le Apostole nelle Missioni tra gli immigrati Italiani nell’America del Sud (Brasile) e poi nell’America del Nord (Boston, U.S.A.).

Madre Clelia con 18 Suore fece la vestizione religiosa nel Noviziato di Castelnuovo Fogliani, frazione di Alseno, in provincia di Piacenza, l’11 giugno del 1900. Nove di loro, inclusa la Fondatrice, emisero anche la professione. Nonostante la gioia della loro consacrazione e del successo apostolico avuto con la collaborazione di Mons. Scalabrini, stavano crescendo tra le Suore dei conflitti interni. Si formarono due distinti gruppi nella stessa Congregazione: le suore che volevano rimanere fedeli al carisma della Fondatrice e quelle che propendevano per la sottomissione ai religiosi della Congregazione Scalabriniana. In più Madre Clelia, già dopo il fallimento e gli ulteriori processi giudiziari, era divenuta vittima di calunnie. Non volendo accusare pubblicamente il sacerdote che aveva in precedenza mal gestito e rubato i soldi della Congregazione, aveva assunto su di sé la colpa di tutta la situazione, aprendo la strada ad un indicibile malinteso. Il 28 febbraio del 1904 venne promulgato il decreto di destituzione di Madre Clelia, con il passaggio del governo a Madre Marcellina Viganò. Dopo un anno, Madre Clelia venne reintegrata, ma seguirono tre visite apostoliche, al termine delle quali, con un decreto della Sacra Congregazione dei Religiosi del 13 settembre 1911, Madre Clelia venne nuovamente rimossa dall’ufficio di Superiora Generale. Non venne più consultata per le questioni riguardanti l’Istituto, il titolo dell’Istituto fu cambiato e vennero pubblicate le nuove Costituzioni, la cui osservanza fu imposta dai visitatori sostenuti dalla Congregazione dei Religiosi. Le numerose richieste di Madre Clelia di rivedere il suo caso rimasero senza risposta, mentre la discordia in seno alla Congregazione crebbe e le suore a lei fedeli vennero espulse dall’Istituto. Sola, considerando la sua persona un ostacolo alla pace della comunità, decise di lasciare l’Istituto da lei stessa fondato, piuttosto che vederlo dilaniato dalla discordia.